Poco después de aprobar el Proyecto se empezaron a diseñar los bocetos de lo que tendría que ser el Arca.

El siguiente debate se centró en el diseño que debía tener. Prácticamente la totalidad de los ingenieros y especialistas coincidieron en la forma que debía respetar la estructura. Ésta debía ser cilíndrica o esférica a modo de tener menos problemas a la hora de conseguir una gravedad uniforme y aprovechar al máximo la superficie habitable del recinto en todos sus posibles niveles.

Se acabó por seleccionar a dos de entre las innumerables propuestas. Fueron las dos con  más votos de entre la multitud de especialistas. Una vez más la dualidad afloró.

La primera propuesta fue la de los bautizados como "naturalistas" quienes optaban por imitar a la naturaleza. Seguir sus patrones y pautas para, de esta forma, alterar lo menos posible el hábitat que durante tanto tiempo marcó la vida de todos los seres vivos.

-"Al fin y al cabo todos nosotros somos la adaptación de la vida aquí. Con los años la evolución nos ha ido adaptando más y mejor a nuestro entorno y éste es nuestro entorno, estamos adaptados a él. Por lo tanto cualquier cambio podría tener consecuencias totalmente impredecibles y muy probablemente devastadoras para la vida conocida."

El segundo grupo era conocido por el nombre de "evolucionistas" ya que estos pretendían establecer unos nuevos patrones innovadores para que la vivencia fuera lo menos traumática posible. Éstos aseguraban que era del todo imposible modelar otra tierra por sus dimensiones, características etc.

-“Si el hombre se ha adaptado al entorno hasta la fecha ahora ha de ser el entorno el que deba adecuarse al hombre, a sus necesidades  y a las de las demás especies.”

La principal diferencia entre el diseño de ambos radicaba en la ubicación de los habitantes del Arca, conocidos como Arcanos. En el diseño de los "naturalistas" los Arcanos eran situados en la cara externa de la estructura para seguir con el patrón impuesto hasta el momento y poder preservar esa visión del universo, esa visión de la esperanza.

-"¿Qué sería de la humanidad sin el cielo? Ese cielo que tanto inspiró y tanto hizo por nosotros. Gracias a él descubrimos lo que somos, lo que formamos, lo que tenemos. Y no olvidemos que fue él mismo quien nos reveló nuestro propio fin.”

Ese era su principal argumento para impugnar la otra opción.

En cambio la propuesta "evolucionista" consistía en que los Arcanos permanecieran en el interior, en la cara interna de la nave sin tener tan en cuenta el aspecto filosófico-histórico.

-“El Arca no deja de ser un mero transporte y no un medio permanente, el cual debe construirse con la mayor rapidez y fiabilidad posible.”

El que fuera "interno" resolvía uno de los principales parámetros: la gravedad. En su propuesta la fuerza centrífuga, provocada por la rotación, se encargaría de ello; y de esta forma se conseguía además toda la superficie exterior para cubrirla de paneles fotosensibles y poder conseguir una fuente de energía extra de reserva duradera y eficaz.

La cuestión de la gravedad era el principal problema de la propuesta "naturalista" pues no lo tenían resuelto. Había distintas opciones pero ninguna lo suficientemente satisfactoria. No podían fabricar una esfera lo bastante grande como para mantener las mismas dimensiones y masa que la tierra, ni tampoco habían conseguido mantener la misma masa en un cuerpo de dimensiones mucho más reducidas. Experimentaron con materiales de masas enormes pero a pesar de eso sólo se acercaban a la gravedad deseada sin conseguirla. El rellenar el núcleo con ese tipo de materiales, los cuales casi todos eran radiactivos, resultaba un peligro desaconsejable. Al mismo tiempo pretendían usarlo como fuente de energía, pero el tener ese núcleo altamente radiactivo hacía del Arca un artefacto demasiado peligroso.

Otro punto importantísimo era el asunto del aire, microclimas, desagües etc. Si los "naturalistas" conseguían la gravedad deseada no habría problema en retener el aire creando una atmósfera artificial. Incluso podían llegar a imitar el ecosistema casi entero con lluvias, viento y demás. Tan sólo debían conseguir una fuente térmico-luminosa.

-"... demasiado utópico, nunca jamás se debe subestimar la naturaleza, no es para nada un juego de niños. No podemos jugar a ser dios y arriesgarnos de esa manera, debemos ser el máximo de pragmáticos"

­Los “evolucionistas” resolvieron una vez más el problema de una manera práctica. Climatizadores, tuberías, deshumidificadores, sistemas de control ambiental y otras tecnologías en desarrollo se encargarían de garantizar las condiciones óptimas para la supervivencia. Para resolver las cuestiones pendientes (garantizar el suministro de agua y aire, tener suficiente energía y demás) proponían basarse en el perfeccionamiento de la sostenibilidad, el reciclaje y la depuración como puntos fuertes. Presentaban como solución energética invertir lo necesario en el desarrollo de la física del plasma como nuevo avance para poder llegar a controlar la fusión nuclear, si se alcanzaba ese objetivo la energía dejaría de ser un problema.

Finalmente después de la segunda oleada de reuniones se apostó por la propuesta "evolucionista" que a pesar de ser arriesgada a largo plazo, por las secuelas psicológicas que podía producir el aislamiento y por algún detalle por resolver, era la que menos riesgo tenía. Se confiaba en poder resolver todas esas cuestiones con la investigación de los próximos años. Sabiendo qué era lo que había que encontrar, la ciencia se encargaría de ello. La naturaleza los había llevado a esa situación, ahora debía ser el hombre el que lo evitara con las armas que la misma naturaleza le proporcionó.

Todas las funciones del Arca estarían computerizadas. Temperatura, humedad, presión y luminosidad de los distintos módulos y sectores; previsiones y seguimiento constante de las reservas de alimento y agua, muestreo de los componentes del aire; controles y análisis de crecimiento y estado de la población de todas las especies; así como el control de la rotación y del rumbo iban a ser supervisados por un supercomputador bautizado con las siglas N.O.E. (Neural Operative Engine)

Se invirtieron grandes recursos y esfuerzos en desarrollar la I.A. más avanzada que jamás hubiera existido.

Una de sus funciones principales era la de hacer constantes predicciones a medio plazo ya que cualquier contratiempo podría suponer un verdadero problema si no se resolvía a tiempo. La falta de energía o una escasez de agua demasiado prolongada podían fulminar todo el Proyecto. Y esa era su misión, velar por todas las funciones vitales del Arca, un sucedáneo de la naturaleza además de ángel de la guarda.

La primera versión de NOE fue construida a modo de simulador. Se le introdujeron todos los datos y periódicamente se le exponía a situaciones anómalas para analizar sus decisiones y contramedidas.

El simulador trabajaba a una escala de tiempo lo suficientemente alta para poder obtener las máximas permutaciones posibles. Eso llevó a inventar una nueva medida de tiempo, ya que los años quedaban obsoletos al  no haber rotación solar que medir. De todas las propuestas optaron por las “geciones”. Una “geción” equivaldría a una generación, aproximadamente 30 años terrestres.

Una investigación en la que se presto especial atención fue calcular la fecha límite en la cual la permanencia en la tierra y la consecuente exposición a las radiaciones repercutirían de manera irreversible en el ser humano y así poder programar el lanzamiento.

Así que diseñaron la misión Rytram como parte del Proyecto. La misión consistió en enviar una sonda no tripulada para recoger datos en los distintos estadios en una ruta de acercamiento progresivo al sol.

Al mismo tiempo se lanzaron 12 sondas (Guide 1-12) equipadas con los más avanzados radiotelescopios para empezar a confeccionar una especie de cartografía galáctica. Poder decidir el rumbo de partida más adecuado y poder tener de antemano suficiente información sobre el camino que sería escogido más adelante. Se tenía previsto enviar sondas periódicamente en un intervalo todavía por decidir, pero en todo caso no superior a los 10 años.

A medida que el Arca iba tomando forma se hacía cada vez más difícil que pasara desapercibida. Lo evitaron bajo una nueva tapadera esta vez de origen científico, una estación espacial internacional llamada Alfa. En ella se fue creando lo que sería el embrión del verdadero artilugio. Poco a poco, viaje a viaje la lanzadera Messenger 7 fue transportando los distintos módulos de los cuales estaba compuesta el Arca.

La estación espacial internacional ejerció de taller donde la iban a ensamblar, ya que una estructura de tal magnitud era del todo imposible fabricarla en tierra para después lanzarla al espacio.